m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传润饰方法,它都会存在于病毒和真核生物中。
m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传润饰方法,它都会存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq(高通量测序法)作为m6A润饰的检测的新方法,其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在;可以清晰每个基因的润饰水平,进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带咱们细心地了解m6A和MeRIP-seq。
转录后调控(post-transcriptional control)是指在转录后水平(RNA)上对基因表达的调控,包含对真核生物基因的转录产品进行的一系列润饰和加工。
1)对mRNA前体hnRNA的剪接和加工;例如5’-端加帽、3’-端polyA尾、RNA润饰、RNA剪接。
m6A甲基化润饰是指腺嘌呤的6号碳原子衔接的氨基基团中的一个氢被甲基基团替代,在m6A甲基化过程中触及的这3类重要的酶:
m6A具有调控可变剪切、调控mRNA出核转运、调控mRNA的选择性翻译和翻译速率、相别离以及与RNA的稳定性有关等功用。
m6A作为最常见的一种转录后润饰,介导了超越80%的RNA甲基化。其调控机制与生物学功用触及各个领域:
1)癌症:肺癌、肝癌、等,研讨的主要内容有m6A润饰怎么样影响肿瘤的产生、增殖、搬运、耐药等;
1)人、小鼠和大鼠可一同检测mRNA和lncRNA上的m6A润饰,非人非鼠物种(人、小鼠、大鼠以外的物种)只能检测mRNA上的m6A润饰;
3)如需公司做RNA提取,请依据样本特性预算样本量,终究取得的RNA质量和总量以质检成果为准;
4)活体取样,除掉结缔安排以及其它非研讨安排,用预冷的PBS漂洗,去除血液和杂质。体积较大的安排需切割成绿豆巨细的小块。将安排放入事前符号好样本信息的RNAase-free管中(管子速冻后无法做符号),当即液氮速冻2min,-80℃保存。
每组MeRIP-seq由两种类型的样本组成,即immunoprecipitation(IP)样本和Input对照样本。RNA分子首要被片段化成约100-200nt的片段。经过抗m6A的特异性抗体,IP样本供给了甲基化RNA片段的无偏丈量。一同,Input对照样本可反映根底RNA的丰度。经过建库、高通量测序和生物信息学剖析,给出全转录组m6A的定位。
测序数据下机之后,咱们就可以得到原始测序序列(Sequenced Reads),在有相关物种参阅序列或参阅基因组的情况下,咱们经过如下规范流程进行生物信息剖析:
MeRIP-qPCR:运用m6A抗体在富集到带甲基化润饰的RNA后,下一步运用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技能。主张结合基因表达RT-qPCR 、WB等验证手法一同做试验成果验证。